Jak obliczyć koszty w przypadku potrącenia kwoty zabezpieczenia z należnością wynikająca z faktury MPP

Problem: Firma budowlana (spółka komandytowa) zawiera umowy z podwykonawcami na realizację usług budowlanych. Podwykonawca za wykonaną usługę wystawia fakturę najczęściej MPP (powyżej 15.000 zł). Z faktury tej spółka komandytowa płaci podwykonawcy kwotę faktury, ale pomniejszoną o kwotę zabezpieczenia na wypadek roszczeń z tytułu wadliwie wykonanej roboty. Zabezpieczenie to jest zwracane podwykonawcy po kilku miesiącach, a czasami latach. Czy takie postępowanie spółki jest prawidłowe? Czy spółka może pomniejszać płatność za fakturę wykonawcy np. o 5% z tytułu zabezpieczenia i czy w takim razie spółka ma prawo całą fakturę zaliczyć w koszty uzyskania przychodu? Nie ma takiej możliwości, że spółka zapłaci całość faktury, a podwykonawca wpłaci osobno kwotę zabezpieczenia. To rozwiązanie nie sprawdziło się. Czy spółka może nadal stosować takie rozwiązanie (poprzez zapis w umowie z podwykonawcą), czy może istnieje inne wyjście z tej sytuacji?